با صدور فرمان تاریخی حضرت امام خمینی (ره) در پنجم آذر ماه سال 1358 مبنی بر تشكیل بسیج مستضعفین، پایگاه های مقاومت در مساجد، حسینیه ها، ادارات، كارخانه ها، مدارس و... به صورت خود جوش و مردمی شكل گرفت و با واگذاری مسئوولیت بسیج به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و شروع جنگ تحمیلی عراق علیه ایران اسلامی، پایگاه های مقاومت بسیج در مدارس همچون دیگر اقشار بسیج برای جذب، آموزش و اعزام دانش آموزان واجد شرایط به جبهه های جنگ حق علیه باطل فعال شدند كه در این میان نقش معلمان و فرهنگیان شجاع بسیجی ستودنی است. در دوران هشت ساله دفاع مقدس بیش از 550 هزار نفر از دانش آموزان به دفعات مكرر به جبهه ها اعزام شدند كه در این میان بیش از 36000 نفرشهید و مفقود الاثر و 2853 جانباز و 2433 آزاده تقدیم دفاع از انقلاب اسلامی و ارزش های اسلامی نموده اند.
با انسجام واحد بسیج مستضعفین و شكل گیری ساختار و تشكیلات آن، دفتر بسیج دانش آموزی به عنوان رده ای مستقل در واحد بسیج مستضعفین ایجاد شد وبا شكل گیری معاونت اقشار در بسیج بعنوان بسیج دانش آموزی به ادامه فعالیت خود پرداخت .
در سال 1363 با تصویب تبصره 2 از ماده یك قانون نظام وظیفه كشوری كه به موجب آن وزرات آموزش و پرورش موظف گردید با هماهنگی و همكاری واحد بسیج مستضعفین سپاه پاسداران انقلاب اسلامی آموزش آمادگی دفاعی را برای دانش آموزان اجرا نماید، پایگاه های مقاومت بسیج دانش آموزی در مدارس از استحكام بیشتر برخوردار گشت.
با توسعه واحد بسیج مستضعفین از سطح یك معاونت در ستاد مركزی سپاه به یك نیروی مستقل با عنوان نیروی مقاومت بسیج سپاه، بسیج دانش آموزی نیز به عنوان یك مدیریت مستقل در مجموعه ستاد نیرو تشكیل و به كار خود ادامه داد.
در سال 1371 با تلاش مدیریت مستقل بسیج دانش آموزی، ستاد ایثارگران وزارت آموزش و پرورش و معاونت پرورشی آن وزرات توافق نامه ای تنظیم و به امضای فرمانده نیروی مقاومت بسیج و وزیر آموزش و پرورش رسید. با امضای این توافق نامه و ابلاغ به رده های ذیربط دو دستگاه و تشكیل كمیته های هماهنگی در سطوح مركز، استان و شهرستان، تحركی وسیع در تقویت و گسترش بسیج دانش آموزی به وجود آمد به گونه ای كه در پایان سال تحصیلی 74-73 بیش از 12 هزار دفتر بسیج دانش آموزی در مدارس راهنمایی و متوسطه كشور تشكیل شده و نزدیك به 5/1 میلیون نفر دانش آموز به عضویت بسیج دانش آموزی در آمدند.
در سال 1373 با ابلاغ سردار فرمانده محترم كل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و به منظور به كارگیری توان مجموعه معاونت های نیروی مقاومت بسیج در امر تقویت و گسترش بسیج دانش آموزی، دفتر مشاورت، بسیج دانش آموزی تشكیل شد، تا با یاری فرماندهی نیرو، به تقویت اصولی بسیج دانش آموزی همت گمارده شود. تعیین ساختار و سازمان و شرح وظایف بسیج دانش آموزی در مدارس، ضابطه مند كردن ارتباطات گروهی و تشكیلاتی، ایجاد سازمان پویندگان و پیشگامان به تناسب مقاطع تحصیلی راهنمایی و متوسطه، همچنین طراحی دسته های سازمان یافته برای فعالیت های فرهنگی، امدادی، علمی و سازندگی ,طراحی لباس، آرم نشان عضویت، پرچم سازمانی و تطبیق آموزش آمادگی دفاعی مدارس با نظام آموزش های نظامی بسیج از جمله موفقیت های این دوران به شمار می رود.
مجلس محترم شورای اسلامی به منظور بسط و گسترش فرهنگی بسیجی در میان دانش آموزان و تقویت بسیج دانش آموزی، در سال 1375 ماده واحده ای به تصویب رساند كه به موجب آن وزارت آموزش و پرورش موظف به حمایت و پشتیبانی و تقویت و گسترش بسیج دانش آموزی گردید. با تصویب این قانون فعالیتها و برنامه های بسیج دانش آموزی از قوام و استحكام بیشتری برخوردارگشت، به گونه ای كه در پایان سال تحصیلی 78-77 تعداد واحدهای مقاومت
پویندگان و پیشگامان بسیج دانش آموزی به بیش از22 هزار واحد در مدارس راهنمایی و متوسطه رسید و بیش از 5/2 ملیون نفر از دختران و پسران دانش آموز به عضویت بسیج دانش آموزی در آمدند.
متعاقب مصوبه مجلس شورای اسلامی و با پیگیری های به عمل آمده سطح تشكیلاتی بسیج دانش آموزی نیز به منظور فراهم كردن امكان موفقیت بیشتر در تحقق اهداف و مأموریتهای محوله ارتقا یافت و در سال 77 به عنوان سازمان بسیج دانش آموزی ادامه مأموریت داد.
امروز سازمان بسیج دانش آموزی به حول قوه الهی با برخورداری از مدیران و كارشناسان مجرب در سطح مركز و 28 رده استانی و بیش از 600 حوزه مقاومت بسیج دانش آموزی در قریب 26 هزار مدرسه راهنمائی و متوسطه كشور واحدهای مقاومت بسیج دانش آموزی را گسترش داده و تاكنون بیش از 3 میلیون نفر از دانش آموزان دختر و پسر میهن اسلامی به عضویت در این تشكل دانش آموزی و نهاد برگرفته از متن ملت قهرمان ایران در آمده اند.